麻麻亮，洪承畴整顿人马，留下刘宗敏带三千守城，其余的全部去会和袁崇焕。却说袁崇焕带着步骑兵依靠简单的工事和优势的火枪、手摇机枪、迫击炮,大量的杀伤着进攻的叶尔羌汗士兵，虽然有首领在后面压阵，这些被洗了脑袋的士兵也是悍不畏死，但这并不代表他们不死，一天的进攻下来就将近两万人。第二天早晨一起床，还没有吃早饭呢，这些不怕死的悍兵就开始了第一波攻击，袁崇焕指挥着明军沉着应战。就在战斗最激烈的时候，洪承畴部从叶尔羌汗国士兵的后面杀了上来，这面的士兵很快就溃散了。袁崇焕趁机将五千骑兵交给洪承畴，洪承畴也不客气，以郝永忠、李鸿基各带一队人马，朝两人相反的方向两边齐动，有一种横扫千军如席卷的气势，不到两刻钟的时间，叶尔羌汗国士兵就彻底被冲击垮了，到处都是四散的失去控制的散兵。
这些溃散的士兵不都是骑兵啊，往沙漠里跑只有死路一条，但是也只能往哪里跑，明军就在后面死命的追击，一直把他们赶到了沙漠的深处，生死由命去了，让后收兵直达叶尔羌城，稍加休息，填饱肚子，留下一万人袁崇焕自己守城，顺便清理残敌，其余的有洪承畴率领就杀向喀什。喀什城的士兵已经被抽调一空，面对来势凶猛的洪承畴，它就像一个被脱光的少女，根本就没有任何抵抗能力，就算城墙再高大，没有士兵也一样得失败。喀什城里居住的多是工匠和富商，洪承畴一点也不客气，仍然是屠城，除了里面的汉人、羌族人，其他的族裔除了年轻的女人留下，其他的一概杀死。羌族人也是汉人的一个分支，和汉人一样的血统，是大明朝的子民。
洪承畴的屠城政策吓坏了叶尔羌汗国的军民，强悍的战斗力量让人望而生畏，接连失去几座重要城市的叶尔羌汗国人，彻底对洪承畴产生了畏惧心，附近的大小城镇里的居民纷纷逃离。当袁崇焕再让洪承畴出兵征服阿克苏城的时候，阿克苏就剩了一座空城，里面的人不管男女老幼全部早就弃城而逃了，包括曾经被赶进大沙漠里逃得了性命的。他们逃跑的方向就是天山深处，至于能不能出去就不是别人考虑的了。
经过袁崇焕的西域战役，尤其是洪承畴的残酷杀戳，在南疆的***教势力基本上被根除了，剩下的除了信仰佛教的蒙古人，剩下的就是汉人、羌人、以及朱有孝认可的是女娲造人时扔得较远的原著居民，比如土谷浑人。总而言之吧，朱有孝的民族主义观念非常强烈，这些人都算他认可的炎黄子孙。
大的战役已经结束，剩下的就是围剿残余的漏网之鱼，现在已经到了深
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