一番动员、防备工作，江阴城中守备加强，秩序井然，民心振奋，士气高昂。阎应元和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对江阴城中过往行人严加盘诘，肃清清军内奸，让全城猎人在城中射杀飞翔的白鸽以免飞鸽传书。在阎应元的领导下，江阴城所有百姓很快就做到人尽其才、物尽其用，每个人擅长的技艺都得到淋漓尽致的发挥。
阎应元深知武器在战争中的重要性，江阴虽是历代王朝兵家必争之地，军需库也储存了一定的武器，但要对付眼下十万围城的清兵而且没有后援是显然不够的。阎应元拍拍王宫略肩膀道：“公略兄，你我过去在打击琉球海盗和倭寇时早已相识，现在有一项重要工作交给你去做。你一方面组织江阴城内所有工匠*弓箭、火铳及*、铁砂、硫磺火砖等兵器，一方面你带兵效仿三国时期的诸葛亮草船借箭的做法，扎大量的草人在夜色朦胧中突然出现在城垛上。”“得令，阎将军！”王公略依计行事，晚上江阴义兵们把大量的草人在夜色朦胧中用绳子吊在城垛上，上下拉动，又敲锣打鼓，鼓声隆隆。城下清军以为江阴城中士兵乘夜下出城袭击，慌忙组织弓箭手射箭；接连几番，江阴义军不费吹灰之力就获得数万支利箭。
刘良佐依仗兵力雄厚，不断发起进攻，大批清兵架设云梯，在弓箭手一轮轮箭阵掩护下逼近城墙。清军的轮番进攻，都被城中钉有铁钉的滚木、垒石砸下去，火铳、火砖一齐向攀爬云梯的清军发射，云梯被火铳、火砖瞬间燃爆，有的清兵全身被击中，全身燃起熊熊大火，冲进护城河；躲在城垛后面的义兵一次次射出利箭，射死一批又一批跨过护城河的清兵。清军又用一张牛皮帐篷遮挡义兵们的箭矢，强行攻城。阎应元下令用烧滚的桐油向城下泼浇，躲在牛皮帐篷下的清军被活活烫死，痛的“嗷嗷”直叫，慌坐一团，在义兵们弓箭下纷纷中箭倒下，或慌不择路掉进插满箭矢、堆满尸体的护城河中。清军攻城月余，死伤惨重，久攻不下，刘良佐只能借酒浇愁。副将就建议刘良佐继续劝降，刘良佐无奈的摇摇头，又点点头。
刘良佐骑马走到江阴城下喊话：“应元兄，江南现已完全落入我军手中，你心知肚明江阴城已成一座孤城，良禽择木而栖，识时务者为俊杰！我念你过去是典吏，你我也有同袍之义，我也不忍杀你。只要你肯降清，我不但既往不咎，还会在摄政王面前替你美言几句，我保你以后平步青云，飞黄腾达！以你的胆识和才干，我保你官职不在我刘良佐之下！”
阎应元应声道：“我虽然身为大明一个小小的典史，我尚且知道忠
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