日后大宗师的合法继承人。
大都崇真万寿宫设提点一职，协助大宗师处理日常事务。大宗师之下，设江淮荆襄都提点，为大宗师指挥各路道教的直接助手。
其下的各级地方组织，根据元代行政区划进行设置，行省设都提点，路设道录、道判，州设道正、道判，基层各宫观设住持、提点、提举。
玄教从成立至元末，承传五代掌教。第一代张留孙，掌教四十三年（从至元十五年作玄教宗师算起），于元英宗至治元年（1321）逝世，传给第二代吴全节。
全节掌教二十五年，于至正六年（1346）逝世，传给夏文泳。文泳掌教四年，于至正九年（1349）逝世，传给第四代张德隆。
德隆掌教约五年，于至正十四年（1354）传给第五代于有兴。于有兴掌教至元亡。
玄教大宗师之承传，逐渐形成一套制度。第一，除第一任掌教张留孙为元世祖任命外，其后几代掌教皆由前任掌教提名，先作嗣师，待前任掌教逝世后，由皇帝降
“玺书”加以任命。第二，历代继任掌教在接任时，皆须以张留孙遗留下的大宗师印和宝剑（原为皇帝赐张留孙者）相承传。
作为传承凭证和教权象征。玄教虽是由龙虎宗分衍出来的一个支派，但却自成体系，对龙虎宗天师有丰当大的独立性，即它的的教务真接受命于玄教大宗师，而不直接受命于龙虎山上清宫和天师府。
玄教之信仰和所习方术，呈杂采兼收特点。除主要承传天师龙虎宗之符箓、咒术外，兼习神霄、清微、天心雷法，也兼习内丹术。
在道教理论上的建树很少，仅吴全节所著《灵宝玉鉴》，现尚存于《道藏》。
玄教存在的时间虽不长（至元亡而解体），但它却对诸符箓派合为一个大派正一道起了很大的推动作用。
一方面，玄教大宗师长期居住大都崇真万寿宫，有如江南道教首领历代天师在京的常驻代表（历代天师除被诏命去京师外，常年居龙虎山），江南众多道派的不少事务，往往是通过玄教大宗师解决（有些须请示天师）。
玄教大宗师对于沟通江南道教与元室的关系，沟通道教各派之间的关系，加强各派的团结，促进正一道的形成，发挥了重要作用。
另一方面，玄教组织的发展，又大大增强了龙虎宗的力量，为正一道的形成，作了必要的组织准备。
新武当派：清微派支派。由元代武当山道士张守清开创。据元程巨夫《均州武当山
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