先，《内经》一书奠定了人体生理、病理、诊断以及治疗的认识基础。其基本素材来源于中国古人对生命现象的长期观察、大量的临床实践以及简单的解剖学知识。如“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱。“(《素问·经脉别论》)以及“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣“(《素问·灵兰秘典论》)的记载，是对人体水液代谢过程的形象描述，成为后世治疗水肿病从肺、脾、肾三脏入手的理论基础。现代治疗肾源性水肿、心源性水肿多从调治肺、脾、肾入手，其理论来源显然出自《内经》。再如，“高粱之变，足生大丁，受如持虚“(《素问·生气通天论》)，是指过食粱厚味容易使人罹患疔疮类疾病。从现代临床来看，糖尿病足的发生、痛风病的关节肿痛，其发病无一不与过食肥甘厚味有着密切的关系。再如，《素问·五脏别论》中“气口何以独为五脏主“的观点，即为后世“诊脉独取寸口“的滥觞;《素问·五常政大论》中“大毒治病，十去其六;常毒治病，十去其七;小毒治病，十去其八;无毒治病，十去其九;谷肉果菜，食养尽之，无使过之，伤其正也“的劝诫，成为中医临床遣药用方、养生防病一贯默守的至理名言。
除此而外，《内经》一书中还有许多与人体健康有关的其他内容，涉及养生、预防、针灸、调摄等诸多方面，至今都有效地指导着人们的防病治病。特别是其中的“治未病“思想，在当前生物-心理-社会医学模式下，更为世人关注和瞩目。
《内经》的理论对于现代中医临床仍然具有非常重要的指导意义。《内经》成书距现在虽然已有2000多年，但人类个体自身的生理功能及病理变化并未发生多大的改变。按照《内经》的理论，如果肺主气、司呼吸，心藏神、主血脉，脾升清、主运化，肝藏血、主疏泄，肾藏精、主气化的功能完全正常，一身气血周流畅通、运行无阻，人体就不会生病。《内经》所确立的独特养生防病视角，决定了它不仅为保障人民健康，繁衍中华民族做出了巨大贡献，而且，还将一如既往地继续为人类的健康事业保驾护航
黄帝内经》所说的五脏，实际上是指以肝心脾肺肾为核心的五大系统。
以心为例:心居胸中，为阳中之太阳，通于夏气，主神明，主血脉，心合小肠，生血、荣色，其华在面，藏脉、舍神、开窍于舌、在志为喜。在谈心的生理、病理时，至少要从以上诸方面系统地加以考虑才不至于失之片面。因此可以每一脏都是一大系统，五大系统通过经络
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