。院由知院、同知、副枢、佥院、同佥及院判、参议、经历、都事等职官组成。另有负责军法狱讼的断事官。枢密院直隶皇帝，其职责是“掌天下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”。如遇地方有事需调军出征，则于地方设行枢密院，事已则罢。
由于元朝奉行蒙古至上政策，所以军籍机密唯一二蒙古长官知晓，汉人等不得查看。元朝中枢另有兵部。与枢密院相较，兵部职权相对较小，其职掌主要是“掌天下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私畜牧之地，驼马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之征，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”，职同军需后勤部门。
元朝的军事戍防，大体可分为中央宿卫制和地方镇戍制两大类。入元以前，蒙古大汗的宿卫是由怯薛担任的。怯薛制度起源于游牧贵族的那可儿（伴当）、亲军。与汉地中央禁军不同，怯薛在草原游牧社会中，不仅是大汗的亲卫，还具皇室家务干部、质子营、贵族子弟训练学校等性质。蒙古汗国军政官员大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗国中央政府的功能。
作为皇权的干城，侍卫亲军受枢密院直辖。其功能大致有以下几项：第一，作为常备军，防守两都及附近地区。第二，作为控御地方的中央武力，逢有反叛，出征讨伐。第三，非军事时期，屯田自给军食，减轻国家负担。第四，承任两都营建、修缮等劳役。这不仅成为元廷加强民族间制衡的力量，而且为色目权臣在政治舞台上崛起打下了基础。
入元以后，怯薛权力大为削弱，但作为蒙古传统的皇家卫士之角色依然存留，并受特殊优待。怯薛设长，分四班轮值，并负责宫城守卫和帝室警卫。与侍卫亲军不同，怯薛不隶于枢密院而直属皇帝。不过怯薛也失去了蒙古国时代的大中军功能，非皇帝亲征，很少出征，其军事作用在于与卫军相互制衡。而怯薛与侍卫亲军构成的中央禁军又是控制地方镇戍诸军的平衡力量。
与宋朝“强干弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同时，基于治安和国防的需要，元朝在内地重镇及边远要塞派驻了大量军队。忽必烈与谋臣斟定全国镇戍规模，命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据天下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名藩列郡又各以汉军及新附等军戍守，又根据区域、军队的分布，划分若干镇戍区。
所谓汉地，主要指原金朝辖境而言
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