竟然是数百条明军船只往南侧登陆而来，船只靠岸后，船上的明军提着武器从船上跳下来，疯狂向南侧清军发起进攻。
多铎也看到明军来支援，他连忙调动预备役去支援，大西军将士在前线厮杀，见后方有明军出现，都以为今日要被明军和清军夹击，死在这巫峡南岸。
可明军却冲向清军，让已死心的大西军将士爆发出前所未有的战意，数万大西军像是被集体打鸡血，疯狂冲向清军，清军竟然被一波反推。
不管是八旗兵还是绿营兵，都不能阻挡大西军反攻，成批被大西军杀死，很多清军士兵扔掉武器往回跑，被大西军追杀的，狠爹妈少生两条腿。
明军第一波渡江将士不过数千人，船只靠岸后立马返回对岸，又拉上来一批明军将士，运送到南侧，明军将士源源不断增援，明军和大西军士气爆发，冲向陷入崩溃清军，清军锐气尽失，不得不向后退去。
多铎也不愧是一代名将，见部队有隐隐崩盘迹象，果断下令八旗兵撤出战场，在他心里，八旗兵战死一个少一个，绿营兵死了就死了，一点也不心痛。
八旗兵率先撤离战场，绿营兵没有后盾，被大西军和明军穷追猛打，死伤无数。
多铎率领残部撤回到
荆州府，大西军顺流直下，攻入荆州府，多铎在荆州府得到吴三桂部支援，吴三桂在湖广地区收降大小势力数万人。
听闻多铎在巫峡和大西军作战，率领部队抵达荆州府，想在这里给多铎支援，却不曾想到多铎被击败，竟然救了多铎。
大西军杀入荆州府，一连攻下巴东，兴山，归州等荆州府西部地区，攻占荆州府部分地区后，大西军终于有立足之地，清军获得吴三桂增援后，想发起反击，却被士气大振的大西军击败，清军被迫撤回到江陵休养。
多铎最害怕明军也追击清军，可明军并没有出川追击清军，王应熊下令四川，贵州等地明军进攻被清军占领四州府，铜仁府等地，将贵州地区清军逐出去。
巫峡一战，清军损失六千八旗兵，绿营兵折损四万，清军元气大伤，多铎也认识到西南地区明军，大西军很有势力，大西军和明军还能够联手，更是让多铎细思极恐。
他不敢在轻易开战，而是在湖广地区，配合多尔衮任命的湖广总督等官员治理湖广地区，消化吸收湖广人口和土地。
清军在休养，大西军可没有停息进攻步伐，张献忠令李定国率部进攻郧阳府，在陕西李自成得到大西军攻占荆州府
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