岛上举行射箭比赛，优者给赏，随行参将谢尚政号令各营兵四周摆围，将毛文龙及其随行部将与士兵隔离开，然后将毛文龙及其部将召入帐中，当着毛部将的面，突然翻脸，将毛文龙逮捕，宣布了毛文龙的十二条罪状，然后拿出尚方宝剑，说道：“皇上赐尚方剑正是为此”，然后令旗牌官张国柄用尚方剑将毛文龙斩于帐前。
袁崇焕杀毛文龙这件事，在当时和现在，都是一件令人诧异的事情，许多人认为袁崇焕杀毛文龙的理由不充分，是自毁长城，这种看法不无道理。这也是后来崇祯皇帝杀他和人们反对他的一个重要原因。
袁崇焕给文龙列的罪名有十二条，这些罪名大多不符合事实，有些是通病，有些微不足道，都不能作为诛杀大将的理由。我们来逐条驳斥：
一、九年以来，兵马钱粮不受经略、巡抚管核；——毛文龙孤悬海外，有许多困难，经略巡抚鞭长莫及，后勤有一定独立性，有其特殊原因。
二、全无战功，却报首功；——“全无战功”不符合事实。“却报首功”，袁崇焕在宁远战役中造成觉华岛伤亡巨大还报功受赏。
三、刚愎撒泼，无人臣礼；——吹毛求眦。
四、侵盗边海钱粮；——有过登陆登莱抢掠，这主要是对袁崇焕实行海禁的抗议。
五、自开马市，私通外夷。——这事袁崇焕后来干得比谁都欢。
六、亵朝廷名器，树自己爪牙。——袁崇焕督师用祖大寿、何可纲都是自己人。
七、劫赃无算，躬为盗贼；——言过其实，扣屎盆子。
八、好色诲淫；——作风问题是通病，不只是毛文龙有这个问题。
九、拘锢难民，草菅人命；——事实上皮岛收集难民，为难民提供了避难所。
十、交结近侍；——袁崇焕在宁远为魏忠贤建祠。
十一、掩败为功。——毛文龙多次袭扰后金，有牵制之功。
十二、开镇八年，不能复辽东寸土。——包括袁崇焕在内的督抚没有一人复辽东寸土。
通过分析我们可以看出，不能说毛文龙一点毛病没有，但是罪不至死。袁崇焕对毛文龙的过错无限放大，对毛文龙的功劳却绝口不提，只看一面，不看另一面，完全是“欲加之罪，何患无词”的做法。
袁崇焕杀毛文龙后，对其部下进行了安抚，改编了东江军队，分四协，分别由毛文龙子承禄、旗鼓中军徐敷奏、游击刘兴祚、副将陈继盛统辖。陈继盛代管东江一切事权。
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