六月初六，秦清离开玉青园，由司礼监大太监杨吕引导，从德胜门入，经承天门步入内殿，召见群臣，查看国库，此时大魏国库的存银已经不足百万。
秦清下令让户部尚书秦道远会同刑部尚书景修，追缴国库一应欠款以及被贪墨之银两，命杨吕清查皇帝内库银两。凡贪墨之人，严惩不贷。
秦清又下令：“敢有伤人及掠人财物妇女者杀无赦。敢有哄抬粮价囤积居奇者杀无赦。重新开放漕运，调粮入京，平抑粮价，敢有从中贪墨私吞者杀无赦。”
秦清第三道命令是清查各部库存，如兵部工部等衙门，都有自己的“私库”，其中牵扯的银钱都在百万之数，此事则由秦不二负责。
在秦家的四位门客中，秦不三和秦不四两人颠三倒四，不堪大用，可秦不一和秦不二却是颇有才具，完全可以胜任。
最后，秦清委派礼部尚书梅盛林和工部尚书霍四时准备登基祭天大典的一应事宜。
六月十五，秦清在帝京城外南郊举行登基大典，祭告天地，定国号为“玄”，寓意黑水起源之地和道门的别称玄门，建元太平，改“载”为“年”，册封白绣裳为皇后，立秦素为皇太女。
秦清并未大封功臣，他与群臣约定，待到一统天下，开得太平，再行论功行赏。
大玄太平元年，七月初五，秦清颁布《谕中原檄》，以兵部尚书秦襄为大将军，率军二十五万，南下中州芦州楚州荆州。
如今辽东掌握了辽州奉州幽州齐州晋州直隶等地，两京一十九州已得三分之一，若是能攻取中州芦州楚州荆州等四州之地，便占据半壁江山，其余地方，传檄可定。
不过这四州之地，却并非没有抵抗之力。当日帝京之围，共有三路勤王大军，其中幽燕总督徐载元兵败身死，全军覆没，晋州被玄军顺势攻占。荆楚总督赵冰玉同样兵败身死，不过楚州荆州芦州等地因为距离遥远的缘故，并未被玄军攻占，待到赵良庚和燕王逃出帝京，两人会同秦中总督，于六月三十，拥立燕王世子徐载钧在江州金陵府登基称帝，改元永武，继续沿用“大魏”国号。
徐载钧登基之后，仍旧以赵良庚为内阁首辅，加封自己的父亲燕王为太上皇。
不过秦清不再承认大魏，所以大玄朝廷在徐载钧等人的称呼前加上了一个“伪”字，正如当初大魏朝廷称呼西北大周为“伪周”一般。徐载钧被称作“伪帝”“伪永武帝”，以“伪魏”区分于“前魏”。因为其位于南方，许多人私底下称其为“南魏”小朝廷。
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