不过，他的麻烦也在这里惹下了。
一次法愿与宗慤商议，想减少僧人的床脚，使之合于八指之制。
谁想这样一来冒犯了当时独步江西的僧导，他忿忿不平地指责法愿胡乱管教僧人。
以僧导的地位和名声而说这样的话，影响之大是可以想见的，事情很快传到孝武帝耳朵里，孝武令他速回京城。法愿刚一上殿，孝武帝就劈头问他：“法愿，为什么假装吃素呢？”
“贫僧吃素已整十年了，并未假装。”法愿面色平静，不卑不亢。
孝武帝见他敢顶撞自己，顿时大怒命令道：“沈攸之，把肉拿来，我看他吃不吃？”
直阁沈攸之拿肉硬往他嘴里塞，法愿双唇紧闭，两人折腾了一会儿，法愿的门牙都弄掉了两颗，肉也未咽下一点。
孝武帝脸色都变了，最后命令他罢道还俗，作广武将军，在华林殿值班伺候。
法愿没有继续反抗，他顶盔戴甲，作起了将军。
法愿虽然形同俗人，但谨守禅戒，从未破犯。
不久孝武帝驾崩，昭太后才令他重新出家。
明帝太始六年，佼长生舍宅为寺，取名正胜，礼请法愿居住。
齐取代宋以后，高帝和武帝对他都以师礼相待。
武帝永明二年，法愿的兄长去世，法愿回京，住在湘宫寺，武帝亲自来问候，法愿派人转告：“脚病还未好，不能相见。”
武帝转身就回去了。
文惠太子到湘宫寺问候，法愿连座也不让，太子只好垂手侍立一旁。
他小心翼翼地向法愿探问：“用奏乐、击鼓、打铙来供养佛祖，那该是怎样的福分呢？”
法愿不屑一顾：“当初菩萨以八万伎乐供养佛祖，尚不能趁心如意，现在你吹竹管子，打死牛皮，有什么可说的？”
当时的王公贵族都从他受戒，他要见这些人都是直来直去，用不着通报。
法愿的名声显赫，众人沓随喜施舍，每天他收得的钱物都数以万计。
法愿并不积蓄，随时用他们修造福业。
他或是雇人礼拜佛祖，或是借给人设斋，或是买来米谷喂鱼喂鸟，或是买来饭食，送给囚徒。
功德无量，不可胜计。
法愿又善于唱经，他的方法与众不同，言语讹杂，随心所欲，不依韵律，只重随时点拔，真可说是其智可及，其愚不可及。
后来，法愿在禅定时，三天没有吃饭。
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