第16特混编队巡洋舰部队指挥官斯普鲁恩斯少将替代他指挥第16航母特混编队，只是斯普鲁恩斯以前没有指挥过航母特混编队的经历，第一次指挥航母特混编队就要指挥如此重大的作战，不免令很多人感到不安。
对于尼米兹而言，哈尔西的缺阵无疑是巨大损失，但是也不一定就是一件坏事情，因为哈尔西性格暴躁冲动，容易出现失误，而斯普鲁恩斯冷静沉着，在这种兵力明显弱于对方的战斗中，美国人要想赢得对方，就需要指挥官是一个冷静沉着，善于抓住机会的人。尼米兹认为斯普鲁恩斯符合这个要求，因此不顾其他很多人的反对，任命斯普鲁恩斯担任第16航母特混编队的指挥官。
由于美国舰队总司令金海军上将对于第17特混编队司令弗莱彻海军少将在珊瑚海海战中的表现甚为不满，对他的指挥才干和勇敢精神都表示怀疑。尼米兹在认真阅读弗莱彻的作战报告后，致信金上将声明弗莱彻具备卓越的能力，是个优秀的海军军官，可以胜任特混编队司令的职责。
5月24日，尼米兹召集太平洋舰队司令部的情报、作战人员会议，罗彻福特却姗姗来迟，他向面有不悦的尼米兹表示歉意，解释到因为经过三天三夜的艰苦工作，他的助手韦斯利。赖特海军少校刚刚成功破译出了日军计划中的最后秘密——日军将在6月3日进攻阿留申，****进攻中途岛。可是在美军确切掌握了日军作战计划所有细节，进攻时间、地点，乃至参战各舰舰长的名字，这些精确的情报不仅没有打消太平洋舰队和海军作战部一些人的怀疑，甚至加剧了他们的担忧，这会不会是日军的圈套？为什么日军会将如此机密的作战计划全部用电报发送，因为即便是最保险的密码，也有被破译的可能，这可是人人皆知的常识。
此时，尼米兹完全显示了一位战略家的胆识，他认为日本联合舰队司令官山本五十六和自己一样了解中途岛对美国和日本的意义，山本五十六不会动用联合舰队的力量来和自己开玩笑，自己也不是傻瓜，不去守最重要的地方而去守次要的地方。他的情报军官莱顿中校随即开始根据各方面的情报，以及太平洋的气象、洋流等资料，整天伏案工作计算美军最有利的截击航线。
5月27日晚，太平洋舰队司令部以及第16、17特混编队司令部举行联合军事会议，讨论制定作战方案。出席者有中太平洋舰队司令尼米兹、参谋长德雷梅尔少将、作战参谋麦克莫里斯海军上校和情报参谋莱顿，第16特混编队有司令斯普鲁恩斯、作战参谋伯雷克中校，第17特混编
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